I Bubble Shooter Challenge 2 skal spilleren optjene point ved at skyde farvede slikbobler, der hopper rundt som bolde og hænger ned fra toppen af spilskærmen. Spilleren skal forbinde en projektilboble med to matchende bobler for at skabe en linje, der springer. Bobler under denne linje falder og springer efter at have hoppet mod spillefeltets lodrette sidevægge eller væggene, der adskiller områder mærket med antallet af tilgængelige point (50 | 100 | 250 | 100 | 50).
Spilleren bruger en skyder, der indeholder den vigtigste projektilboble og den næste tilgængelige. De får også adgang til en mållinje lavet af farvede prikker, der matcher hovedprojektilets farve. De bruger prikkerne til at hjælpe dem med at justere skuddet med de korrekte matchende farvebobler i rækkerne. De får multiplikatorer for combo-point, når de fjerner flere linjer i træk. Boblerne glider ned ad spillepladen. Spillet slutter, hvis bare én glider ned under bunden af skærmen.
Bubble Shooter Challenge 2 har en gylden laserbooster, der dukker op efter et bestemt antal på hinanden følgende linjeafbrydelser. Spilleren kan skyde laseren gennem alle bobler på spillepladen for at optjene point.
Spillet har også et leaderboard med 50 af de bedste scores. Det beder spilleren om at tilføje et brugernavn og sin score til tavlen.
