Minigolf Archipelago är ett skicklighetsspel som fokuserar på minigolf som hobby och sport. Termen "skärgård" syftar på en grupp av öar. Varje inhägnad, gradientgrön bana flyter på en blå bakgrund. Spelet visar en eller flera av dessa öar per nivå. Spelarens mål är att placera sina bollar i hålen som är markerade med vita eller röda flaggor. De måste också försöka hålla sig borta från hål markerade med svarta flaggor som representerar områden där tjuvar försöker stjäla bollar.
Spelaren använder en vit pil på skärmen och sin mus, styrplatta eller pekskärm för att rikta en boll. De kan göra raka, oavbrutna skott och bankskott från sidoväggarna. Spelet tillhandahåller också användbara fysiska hinder, såsom trianglar, cirklar och andra geometriska former, som spelaren kan använda för att rikta en boll.
Minigolf Archipelago tillhandahåller också verktyg. När spelaren är på en multi-flaggbana som har vita och röda flaggor kan de använda det vita flagghålet som en kontrollpunkt. När bollen dyker upp igen så att de kan göra nästa slag, visas den på platsen för den tidigare vita flaggan snarare än startpositionen. Dessutom har vissa banor blålila teleporteringshål som gör att spelaren kan lägga en boll i ett hål med en röd flagga på en ö genom att skjuta bollen från en helt annan ö.
Om spelaren tittar på reklam kan de tjäna eldbollar eller hoppa över en nivå eller ett hål med svart flagga.
