Goober Game é um jogo de fusão ao estilo Suika. A tarefa do jogador é criar uma força de trabalho futura para melhorar a vida dos humanos, utilizando a tecnologia Goober Acceleration da Goober Dynamics. O jogador deixa cair as cabeças dos Goobers num contentor. Eles fundem pares de cabeças iguais para criar cabeças novas e maiores.
O jogador deve ter em conta a fÃsica quando deixa cair as cabeças no contentor. As cabeças podem cair como pedras ou abanar e saltar em diferentes direcções. A qualidade de uma queda depende da taxa de atualização do ecrã do jogador. De acordo com o programador, uma taxa mais elevada equivale a um melhor resultado.
O jogo mostra a próxima cabeça disponÃvel para uma queda no canto superior direito do monitor. Apresenta a pontuação num ecrã digital e a pontuação mais alta registada num papel branco por baixo.
Tal como acontece com outros jogos semelhantes, o Goober Game termina o jogo no momento em que o jogador deixa as cabeças amontoarem-se demasiado perto do topo do contentor. O jogo avisa-o de um problema iminente, mostrando uma linha de aviso horizontal vermelha intermitente.