O Ball Paint 3D é um jogo de colorir com elementos de ligar, combinar e atirar. Apresenta ao jogador um objeto tridimensional feito de pequenas bolas e padrões de cores diferentes. O jogador dispara projécteis coloridos contra o objeto até que todas as bolas apresentem a mesma cor. A seleção final da cor é indiferente. O único objetivo do jogador é certificar-se de que todo o objeto tem apenas uma cor.
O primeiro objeto é uma esfera oca suspensa sobre um oceano. Com o tempo, os objectos mudam. Por exemplo, o jogo mostra um cubo depois da esfera.
Quando o jogador dispara um projétil, pode alterar as cores de todas as bolas ligadas à bola atingida para que correspondam à cor do projétil. Por exemplo, se disparar um projétil amarelo contra um padrão de bolas azuis ligadas, todas as bolas ficam amarelas. O jogador recebe um número limitado de projécteis. Como resultado, ele deve pensar estrategicamente para garantir que cada padrão exiba a mesma cor final.
Ball Paint 3D recompensa o jogador com moedas que podem ser usadas para transformar as bolas noutras formas, incluindo quadrados, anéis, canecas, martelos e estrelas. O jogador também pode receber multiplicadores e moedas grátis assistindo a vÃdeos publicitários e abrindo caixas misteriosas douradas com três chaves.
Quando o jogador é bem sucedido, aparecem confettis, o objeto parte-se em bolas mais pequenas ou noutras formas e tudo desaparece.