Marble Puzzle Blast è un puzzle game in stile flipper che sostituisce le bolle con le biglie. A differenza dei classici sparabolle che presentano file di bolle nella parte superiore del campo di gioco e un tiratore di frecce o cannoni, questo gioco presenta una pista tortuosa lungo la quale un treno di biglie colorate rotola verso un`uscita e un tiratore di farfalle color arcobaleno.
Il giocatore rimuove le biglie dal treno se il proiettile completa una linea di collegamento a tre. Ad esempio, il giocatore spara una biglia gialla contro due o più biglie collegate dello stesso colore e modello al centro del treno. Le biglie gialle scompaiono e quelle rimaste rotolano all`indietro sul binario.
Se le due metà rimanenti di un treno si ricollegano con biglie uguali, anche quelle uguali scompaiono dal binario. Dopo tre scenari consecutivi di biglie autodistrutte, il giocatore riceve un booster, come una bomba nera che distrugge tutte le biglie nel suo raggio, una biglia arcobaleno che distrugge tutte le biglie dello stesso colore o una biglia di fuoco che distrugge tutte le biglie che tocca.
Con Marble Puzzle Blast, il giocatore può anche sparare biglie speciali che contengono booster, come un razzo che distrugge biglie casuali, un pulsante di pausa che ferma il treno e una freccia di inversione che inverte il movimento del treno. Il giocatore può anche ricevere un regalo giornaliero, ricominciare gratuitamente, punti extra per sparare ai sacchi di bottino e monete per acquistare i booster.