Boeing Flight Simulator 3D permette al giocatore di prendere il controllo di un aereo commerciale in qualità di pilota che deve portare a termine determinati compiti di volo, come attraversare cornici bianche in aria e trasportare e far scendere passeggeri negli aeroporti di destinazione. Ad ogni viaggio riuscito, il giocatore riceve l`accesso ad altri aeroporti e riceve denaro e monete per pagare il carburante e gli aggiornamenti dell`aereo.
Questo simulatore non mostra una cabina di pilotaggio. Al contrario, il giocatore utilizza strumenti fluttuanti in primo piano nelle scene all`aperto e nelle riprese esterne dell`aereo. Il gioco offre al giocatore la possibilità di cambiare la visuale della telecamera per vedere l`aereo, la pista e altri ambienti da diverse prospettive. Inoltre, fornisce linee guida verdi luminose nel cielo per indicare il percorso corretto da seguire per raggiungere la destinazione.
Boeing Flight Simulator 3D richiede che il giocatore utilizzi una tastiera per dirigere l`aereo verso l`alto, il basso, la sinistra e la destra, tenendo d`occhio la bolla dell`orizzonte artificiale o l`indicatore di altitudine e l`indicatore del carburante. Altrimenti, il giocatore usa il mouse o il dispositivo touch per effettuare le regolazioni, come far scorrere le leve di spinta per accelerare e decelerare e premere i pulsanti per i carrelli di atterraggio e il freno.
