Candy Shop Merge es un juego de fusión incremental o de estilo clicker en el que el jugador crea nuevas recetas de caramelos en una tienda de caramelos fusionando dos de los mismos tipos de caramelos existentes o nuevos. Pueden crear una amplia gama de deliciosos dulces, incluyendo caramelos individuales y múltiples duros o blandos de envoltura giratoria, de rayas redondas y de malvavisco.
Los principales objetivos del jugador, además de crear el mayor número posible de nuevas recetas de caramelos, son subir de nivel siempre que sea posible para desbloquear nuevos espacios azules de esquinas redondas en la zona de fusiones, ganar muchas monedas de forma activa y pasiva, reclamar recompensas de monedas por logros y comprar caramelos que ayuden a completar las fusiones más rápido.
Si el jugador no hace nada, el icono principal del generador de bolsas, una bolsa con un reloj de cuenta atrás cerca de la parte inferior central de la pantalla, deja caer automáticamente nuevas bolsas que contienen caramelos en la zona de fusión. Todos los caramelos también generan monedas de forma pasiva. Dicho esto, el jugador puede acelerar la generación de bolsas seleccionando repetidamente el icono del generador de bolsas de caramelos. Las recetas de caramelos más avanzadas hacen ganar pasivamente al jugador la mayor cantidad de monedas.
Candy Shop Merge también deja caer bolsas azules que producen caramelos aleatoriamente. El jugador también usa sus monedas para comprar los caramelos que necesite para completar una fusión.