Butterfly Kyodai HD es una versión en alta definición del popular juego de emparejar al estilo conectar, que presenta una gran variedad de alas de mariposa en un tablero cuadriculado de piedra en medio de un estanque de agua. El objetivo del jugador es eliminar todas las alas del tablero emparejándolas. Si el jugador no consigue eliminar todas las alas antes de que se acabe el tiempo, pierde la partida. El jugador solo puede emparejar alas iguales que estén una al lado de la otra en el interior o en los bordes del tablero o que no estén bloqueadas por ninguna ala que no coincida. La primera ala seleccionada se ilumina en blanco y parpadea en su lugar del tablero antes de que el jugador la empareje con una segunda. Cuando se consigue emparejar un par de alas, éstas se deslizan juntas formando una mariposa.
Butterfly Kyodai HD ofrece dos herramientas que ayudan al jugador a encontrar las coincidencias en el tablero. Con el botón de la varita mágica, el juego selecciona dos alas iguales, las resalta en verde y las hace pulsar en sus lugares. Con el botón de flecha doble, el juego reorganiza todas las alas para ofrecer al jugador más oportunidades de coincidencia.