Boeing Flight Simulator 3D permite al jugador tomar el control de un avión comercial como un piloto que debe completar ciertas tareas de vuelo, tales como volar a través de marcos blancos en el aire y transportar y dejar a los pasajeros en los aeropuertos de destino. Con cada viaje exitoso, el jugador recibe acceso a aeropuertos adicionales y dinero y monedas para pagar el combustible y las mejoras del avión.
Este simulador no muestra una cabina de mando. En su lugar, el jugador utiliza herramientas flotantes en el primer plano de las escenas exteriores y en las tomas exteriores del avión. El juego ofrece al jugador la posibilidad de cambiar las vistas de la cámara para ver el avión, la pista y otros entornos desde diferentes perspectivas. También proporciona lÃneas de guÃa de color verde brillante en el cielo para mostrar la ruta correcta que deben tomar para llegar a su destino.
Boeing Flight Simulator 3D requiere que el jugador utilice un teclado para dirigir el avión hacia arriba, abajo, izquierda y derecha mientras mantiene un ojo en la burbuja del horizonte artificial o el indicador de altitud y el indicador de combustible. Por lo demás, el jugador utiliza el ratón o el dispositivo táctil para realizar ajustes, como deslizar las palancas de empuje para acelerar y desacelerar y pulsar los botones de los trenes de aterrizaje y el freno.