Agent Walker vs. Skibidi Toilets es un shooter tridimensional en tercera persona que pone al jugador en situaciones mortales a lo largo de 10 niveles del mundo animado de Skibidi Toilet. En el papel de un agente cameraman con traje blanco en un mech walker robótico de cuatro extremidades, el jugador lucha contra los monstruos Skibidi Toilet usando cuatro de hasta seis armas disponibles a la vez, incluyendo una escopeta recortada, un lanzacohetes, una espada estilo katana y una ametralladora Gatling motorizada de mano.
Al principio, el jugador lucha contra los básicos Retretes Skibidi. Con el tiempo, luchan contra variedades de Skibidi de araña y de cinco cabezas y contra el Toilet G-Man a nivel de jefe. Durante cada combate, el jugador puede controlar el medidor de salud de su avatar en la esquina superior izquierda y el número de monedas recogidas debajo de él. También puede seguir los movimientos de los inodoros Skibidi a través de un minimapa en la esquina superior derecha.
En Agent Walker vs. Skibidi Toilets, el jugador puede mejorar 14 veces la salud del agente y su capacidad para atraer monedas. También pueden mejorar su cabeza con varios tipos de cámaras, juegos arcade, altavoces y otros aparatos electrónicos, asà como algunos objetos no tecnológicos como un trofeo. Si el jugador quiere duplicar sus monedas, debe ver un anuncio.