Space Zoo ist ein Block-Puzzle-Spiel, das Tiere als Polyomino-Formen darstellt. Der Spieler muss fallende Formen auf einer schwebenden Plattform in drei Herausforderungsmodi (Stack, Survival und Catch) zu turmartigen Strukturen stapeln. Wenn der Spieler gut abschneidet, gewinnt er Punkte und Münzen. Mit dem Geld kann er zusätzliche Tiere kaufen.
Im Stack-Modus muss der Spieler so viele Tiere wie möglich platzieren, bevor sich die Blöcke wahllos stapeln und eine grüne Laserlinie kreuzen, die von zwei Generatoren über der Plattform ausgestrahlt wird. Im Überlebensmodus stapeln sie Formen, bis sie keine Leben mehr haben. Im Fangen-Modus stapeln sie die Tiere schnell, bevor eine funkensprühende Substanz, die den Bildschirm von unten her füllt, die Spitze des Stapels erreicht. In allen drei Modi verliert der Spieler Punkte und Leben, wenn die Blöcke von der Seite der Plattform fallen.
Space Zoo bietet dem Spieler nützliche Werkzeuge, die ihm beim Stapeln der Blöcke helfen. Er kann die Blöcke drehen und in die richtige Position schieben. Das Spiel zeigt auch eine vertikale Lichtsäule an, damit der Spieler vor dem dunklen, sternenklaren Hintergrund besser sehen kann.
