Football Run ist ein sportliches Laufspiel mit Arcade-Platformer-Elementen. Der Spieler steuert die Bewegungen eines Fußballspieler-Avatars, der einen Ball schießt, während er auf verschiedenen Pfaden in unterschiedlichen Bereichen läuft. In der ersten Umgebung gibt es 20 Level. Der Spieler muss ein Level erfolgreich abschließen, um das nächste freizuschalten.
Der Avatar läuft und kickt den Ball automatisch. Die einzige Aufgabe des Spielers ist es, ihm zu helfen, über Hindernisse zu springen und unter ihnen hindurch zu gleiten und fünfseitige goldene Münzen und rote Fußbälle einzusammeln. Lässt der Spieler zu, dass der Avatar auf einem Weg mit harten oder spitzen Hindernissen in Berührung kommt, muss er das Level neu beginnen. Zu den häufigsten Fallen gehören Wände und Stacheln. Der Spieler erreicht das Ende eines Levels, wenn er den Avatar durch eine mit einer goldenen Flagge markierte Checkpoint-Zone gleiten lässt.
Football Run belohnt den Spieler mit bis zu drei Sternen. Außerdem behält der Spieler die Münzen und roten Bälle. Mit den Münzen kann er seinen Avatar im Laden aufrüsten und mit den roten Fußbällen kann er einen Lauf an einem Kontrollpunkt fortsetzen, anstatt ganz von vorne zu beginnen.