Destroy Base ist ein Schießspiel, das sich auf militärische Gefechte gegen Terroristen und Geiselnehmer aus der Hubschrauber- oder Flugperspektive bei verschiedenen Wetter- und Kampfszenarien konzentriert. Der Spieler eliminiert Feinde, zerstört Gebäude und rettet Geiseln. In diesem First-Person-Shooter mit versteckter Ansicht werden der Avatar des Spielers und seine Waffe nicht auf dem Bildschirm angezeigt. Stattdessen ist die Ansicht eine Kameraperspektive des Zielgebiets auf einem Raster, das sich unter dem versteckten Shooter befindet.
Der Spieler erhält zu Beginn eine 9 mm Pistole. Nach einer erfolgreichen Mission erhält er Geld, um seine Waffe aufzurüsten. Zu den Upgrade-Optionen gehören eine 9-mm-Killerpistole, eine 4,6-mm-Schnellfeuerpistole, ein 5,56-mm-Sturmgewehr, eine 5,56-mm-M614, ein 7,62-mm-Zerstörer, ein 7,62-mm-Exterminator und ein Null-Brand-Blaster. Sie können den Geldbetrag, den sie am Ende einer Mission erhalten, mit einem X3-Multiplikator verdreifachen, wenn sie eine Werbung ansehen.
Basis zerstören erfordert nicht, dass der Spieler die gesamte Basis zerstört. Das Spiel zeigt Ziele, wie z.B. eine bestimmte Anzahl feindlicher Soldaten oder zugehörige Maschinen, als Symbole in der oberen linken Ecke an. Außerdem werden verschiedene hilfreiche Objekte angezeigt, darunter rote Fässer, mit denen der Spieler den Feind in die Luft jagen kann. Eine Schadensanzeige am oberen Rand des Bildschirms zeigt mit einem roten Balken an, wie viel Lebenspunkte der Spieler während einer bestimmten Mission noch hat.
