Bubble Shooter: Story ist ein Blasenschießspiel, in dem ein fröhlicher Bär in einem Heißluftballon über 75 Spielstufen hinweg zu schwebenden Landmassen reist. Das Ziel des Spielers ist es, dem Bären zu helfen, seine Reise zu beenden, indem er Aufgaben zum Abschießen von Seifenblasen erfüllt. Die Blasen sind eher wie hüpfende Bälle. Während die von einem Projektil zerstörten Blasen bei Kontakt zerplatzen, fallen die übrigen vom Spielfeld in Schalen unter und um den Schützen herum. Das Spiel vergibt dann Punkte, goldene Münzen und ggf. Bonusmünzen.
Der Spieler muss eine bunte Projektilblase auf zwei oder mehr zusammenhängende Blasen schießen, um sie vom Spielfeld zu entfernen. Zu den Aufgaben gehören das Aufdecken von Lichtern in der obersten Reihe, die hinter Blasen versteckt sind, das Befreien von Tieren, die in Blasen gefangen sind, oder das Schießen auf rotierende Ziele. Der Spieler kann manchmal Booster verwenden, um Blasen zu entfernen. Er kann eine Bombe verwenden, um mehrere Blasen zu entfernen, ein Farbradprojektil, um auf eine beliebige Farbe zu schießen, eine Ziellinie, um besser zu zielen, und einen Multiplikator, um fünf zusätzliche Projektile zu der verfügbaren Anzahl hinzuzufügen. Der Spieler verwendet seine Münzgewinne, um weitere Booster zu kaufen.
Bubble Shooter: Story bietet eine Blasenkanone anstelle eines Pfeil- oder Ring-Shooters. Der Spieler kann die Blasen unter der Kanone austauschen, um schneller zu treffen. Eine Zahl auf der Kanone zeigt die Gesamtzahl der verfügbaren Geschosse an. Wenn der Spieler eine Aufgabe erfüllt, lässt das Spiel automatisch das restliche Spielfeld und die Projektilblasen in die Schalen fallen.
