Alien Bubbles ist ein Arcade-Spiel, das Elemente des klassischen Spiels Puzzle Bobble (Bust-a-Move) nachahmt. Der Spieler muss schwebende, runde Alien-Köpfe davon abhalten, einen Dinosaurier in der Nähe des Schützen oder den Boden des Spielfelds zu berühren. Wenn die Aliens den Boden des Spielfelds erreichen, explodieren sie und nehmen alles in ihrer Nähe mit. Wenn sie mit dem Dinosaurier in Berührung kommen, verwandeln sie ihn in Asche.
Das Ziel des Spielers ist es, den Bildschirm von allen Aliens zu befreien und Punkte zu sammeln. Das Spiel verfügt über einen Gear Shooter mit einem zentralen Projektilbereich, der für einen großen Pfeil ausgelegt ist. Der Spieler zielt mit einem farbigen Pfeil auf eine Blase mit einer passenden Farbe. Im Gegensatz zu anderen Shootern muss der Spieler keine Verbindungslinien oder Match-3-Manöver ausführen. Er muss nur einzelne Köpfe mit den einfachen farbigen Pfeilen des Shooters abschießen. Allerdings muss er mit Präzision schießen. Das Spiel beschleunigt den Fall eines Aliens, wenn der Spieler den Kopf mit einem Pfeil einer anderen Farbe trifft.
Alien Bubbles bietet dem Spieler Level und unendliches Spiel. Es bietet auch Schnellspieloptionen. Der Spieler kann ein weißes, regenbogenfarbenes Kristallpfeil-Powerup verwenden, um einen großen Schwung nicht zusammenpassender Köpfe zu durchbohren. Er kann auch einen Pfeil mit explosiver Spitze verwenden, um mehrere nicht passende Köpfe zu sprengen.
Nachdem sie alle fremden Köpfe entfernt haben, bietet ihnen das Spiel neue Hintergründe und Herausforderungen.
