Upside Down er et puzzle-platformspil, hvor spilleren skal navigere en rød firkantet figur gennem to farlige, omvendte verdener på 40 niveauer. I hvert niveau skal de samle tre guldstjerner i ringe for at komme videre til næste niveau gennem hvide, portallignende døråbninger.
Hver bane
Hvert niveau stiller spilleren over for flere problemer. De skal nå stjerner, der typisk findes spredt ud over begge verdener. De skal styre den røde firkant omhyggeligt, så den glider, hopper, springer og falder mellem platforme og andre strukturer i de to verdener, så de ikke går glip af muligheden for at nå stjernerne og døren. De skal også nogle gange styre den væk fra skygge- og ensfarvede pigge og skifte mellem verdenerne ofte. Det betyder, at loftet i et område i den første verden bliver til det gulv, som spilleren bruger til at bevæge firkanten i den anden verden. Farlige pigge i den ene verden bliver en del af vægdekorationen i den anden.
Op og ned
Upside Down hjælper spilleren med at nå sine mål på flere måder. Spilleren kan hurtigt skifte mellem verdener med et tryk på en knap. De kan samle nøgler for at låse døre op, blokere pigge og endda skabe nyttige afsatser. Endelig kan de i senere niveauer bruge pulserende, hvirvlende portaler til hurtigt at flytte firkanten mellem områder, som de ellers ikke ville være i stand til at nå.