Pogo Runner er en pixeleret løbeplatform med nuttede dyr, der besejrer fjender, mens de udforsker fantastiske landskaber på en pogo-pind. Med 60 niveauer af eventyr til rådighed kan spilleren forvente masser af udfordrende tests af deres evne til at løse logiske og fysiske gåder.
Spilleren starter som en hvid kanin i et pastoralt landskab fyldt med bølgende bakker, træhegn, gulerodstoppe og flydende græsklædte landmasser. I stedet for at samle flydende guldmønter samler de hvirvlende kæmpe slikkepinde, som de senere kan bytte for adgang til en af fire ekstra figurer, herunder en frø og en kat.
Spillet udfordrer spilleren med masser af fjender og forhindringer. Det kan være nødvendigt at besejre majroer med hvide pandebånd ved at hoppe på deres hoveder. De møder også pigge på jorden, roterende hjul med takkede knive, der automatisk bevæger sig rundt på flydende platforme, og trekantede pigge, der falder ned fra oven. Spillet har endda en vandret skyder i naturlig størrelse og en blok med knive, der popper ud og glider frem og tilbage.
I Pogo Runner skal spilleren nå den dynamiske sort-hvide ternede målzone på hver bane. Et enkelt slag fra en hvilken som helst retning af en dødelig forhindring dræber kaninen. Hvis det ikke lykkes, skal spilleren starte forfra på en hel bane, medmindre den har en checkpoint-flagstang markeret med et gult, sænket flag, der bliver til et hævet, rødt flag.
