Super Onion Boy é um jogo de plataformas de deslocação lateral concebido com uma história de aventura clássica e gráficos e sons de estilo arcade. O personagem principal, Super Onion Boy, tem de salvar a princesa dos inimigos que a capturaram dentro de uma bolha mágica enquanto passeavam juntos. O jogador ajuda o herói a realizar uma grande variedade de acções para ganhar pontos, derrotar inimigos durante a viagem e recolher moedas, estrelas, vidas extra e poções de poder.
O jogo apresenta uma variedade de ambientes naturais em 15 nÃveis. O jogo começa na Floresta Verde. Com o tempo, o jogador ajuda a personagem a explorar outras regiões, incluindo a Ilha dos Caranguejos, a Montanha do Céu, a Selva Verde, a Colina do Deserto e a Montanha Escura. Um temporizador faz a contagem decrescente durante o jogo. Além disso, a personagem recebe um número limitado de vidas. O jogador deve ajudá-lo a andar, saltar, pular, cair e flutuar para contornar, derrubar ou eliminar inimigos, incluindo cenouras que podem derrubá-lo de plataformas, rabanetes com jetpacks que surgem de canos no chão e laranjas felizes que rolam como pedregulhos.
Super Onion Boy dá ao jogador acesso a superpoderes para o personagem-tÃtulo através de poções. O personagem pode lançar pequenas bolas de fogo, usar bolhas para flutuar em vez de cair no ar e criar um escudo de invencibilidade com brilhos de diamante.
O jogador também dirige o personagem para explorar cavernas subterrâneas e se teletransportar para outras regiões através dos canos. Ele deve tomar cuidado com inimigos e armadilhas nessas áreas também, incluindo morcegos, caranguejos e espinhos fixos e em queda.
