Space Zoo è un gioco di puzzle a blocchi che presenta gli animali come forme di polimino. Il giocatore deve impilare le forme che cadono in strutture simili a torri su una piattaforma galleggiante in tre modalità di sfida (Stack, Survival e Catch). Quando il giocatore ottiene buoni risultati, vince punti e monete. In modalità Stack, il giocatore deve posizionare il maggior numero possibile di animali prima che i blocchi si accumulino in modo disordinato e attraversino una linea laser verde emessa da due generatori sopra la piattaforma. In modalità Sopravvivenza, si impilano le forme fino a esaurire le vite. In modalità Cattura, si impilano rapidamente gli animali prima che una sostanza scintillante che riempie lo schermo dal basso raggiunga la cima della pila. In tutte e tre le modalità , il giocatore perde punti e vite quando i blocchi cadono dal lato della piattaforma.
Space Zoo fornisce al giocatore utili strumenti per aiutarlo a impilare i blocchi. Può ruotare e far scorrere i blocchi in posizione. Il gioco mostra anche una colonna di luce verticale per aiutare il giocatore a vedere meglio sullo sfondo scuro e stellato.
