Funny Bone Surgery è un gioco di simulazione di carriera. Il giocatore deve curare una bambina che ha subito gravi lesioni dopo essersi distratta mentre era in sella al suo skateboard e aver urtato un paraurti di metallo duro sul retro di un`auto parcheggiata.
Il giocatore esegue i trattamenti comunemente utilizzati nelle strutture di pronto soccorso. Sebbene il gioco fornisca molti degli strumenti che il personale medico d`emergenza potrebbe utilizzare in una situazione reale simile, contiene anche aspetti non realistici che rendono più facile per i giocatori più giovani comprendere trattamenti complicati. Ad esempio, il giocatore esegue operazioni mediche estremamente elementari che introducono concetti come l`anestesia e i raggi X. Inoltre, guarisce le ferite quasi istantaneamente. Inoltre, guarisce le ferite quasi istantaneamente e uccide i germi antropomorfi con un oggetto appuntito.
Una volta completati tutti i compiti medici, il giocatore ha l`opportunità di effettuare un restyling. Può cambiare il colore, lo stile e la lunghezza dei capelli della ragazza. Possono aggiornare l`abbigliamento, l`imbragatura, le scarpe, il gesso o lo stivale e il bastone. Possono anche aggiungere manualmente accessori decorativi al viso della ragazza. Detto questo, il gioco offre un pulsante di randomizzazione contrassegnato da punti interrogativi stampati su un dado che seleziona automaticamente gli elementi.
Funny Bone Surgery premia il giocatore ogni volta che completa un compito specifico. Ad esempio, il giocatore riceve un riconoscimento per aver eliminato tutto lo sporco, per aver usato gli strumenti medici per la prima volta, per aver curato gli occhi ammaccati, per aver eliminato i germi, per aver terminato tutti i puzzle e per aver provato tutti gli oggetti e gli accessori di abbigliamento.