Flags Connect è un gioco in stile connect in cui il giocatore deve abbinare coppie di icone di bandiere rotonde su un tabellone composto da tessere con angoli rotondi collegate tra loro che fluttuano davanti a una mappa del mondo. Il giocatore vince un livello rimuovendo tutte le icone prima che una barra orizzontale verde bicolore del timer scompaia dallo schermo. I Paesi rappresentati dalle bandiere del gioco sono America, Canada, Giappone e Regno Unito.
Ci sono tre modalità di gioco
Il gioco presenta al giocatore tre modalità (Facile, Difficile e Molto Difficile). Le modalità Difficile e Molto Difficile prevedono lo stesso tempo della modalità Facile, ma con tabelloni più grandi che mostrano più bandiere. Il giocatore deve far combaciare bandierine identiche lungo linee invisibili tra icone affiancate e bandierine che si collegano attraverso tessere vuote sul tabellone o lungo i bordi. In genere non possono unirsi agli angoli del tabellone.
A differenza di molti altri giochi di tipo connect, il giocatore è in grado di connettersi
A differenza di molti giochi di tipo connect, il giocatore può abbinare le icone utilizzando più di tre linee di connessione. Quando il giocatore collega le bandierine, la prima selezionata scorre lungo una linea invisibile o una linea verso la seconda, si fonde con la sua corrispondente e quindi una singola icona scoppia come una bolla.
Chiude il gioco
Flags Connect azzera il timer per ogni nuovo livello. Il giocatore guadagna punti il più a lungo possibile, finché non esaurisce le mosse di connessione.
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