Cube Commander è un gioco di combattimento che combina elementi dei giochi cubici, dei mondi di crafting e dei giochi gestionali. Il giocatore, attraverso un avatar che indossa una corona, è il comandante di un esercito che deve combattere zombie e altri mostri che fanno incursioni in foreste, paludi e altri ambienti. I giocatori raccolgono risorse, soprattutto lingotti d`oro e d`argento, per costruire un esercito di guerrieri con la spada, arcieri e altri combattenti. Utilizzano inoltre le loro ricchezze per salire di livello ed eseguire potenziamenti alla salute, ai danni, alla velocità , alla capacità di accumulo e ad altre aree.
Il giocatore deve inizialmente tentare di salvare un abitante del villaggio rapito. Dopo aver raccolto abbastanza lingotti d`argento per acquistare tende che generano guerrieri portatori di spada, il giocatore utilizza un`area di carica per comandare ai guerrieri di caricare il nemico. Inoltre, mentre i guerrieri distraggono gli zombie, il giocatore raccoglie a intermittenza altri lingotti d`argento e d`oro. Il giocatore può aumentare la velocità di raccolta dei lingotti guardando una pubblicità per guadagnare uno strumento magnetico.
Cube Commander non costringe i giocatori a guardare molte pubblicità come i giochi simili. Tuttavia, il giocatore può accedere ad alcuni strumenti e armi solo guardando la pubblicità , come la catapulta che spara TNT contro le truppe nemiche.
È importante notare che il giocatore può anche conservare lingotti d`oro extra in un forziere prima che il gioco passi al livello successivo. Potrà poi tornare al forziere e raccogliere i lingotti per salire di livello o acquistare gli oggetti necessari.