Cargo Ship er et afslappet søtransportsimuleringsspil med maritime handels- og indtægtsgenereringselementer. Spillet simulerer en karriere som kaptajn på et fragtskib. Spilleren lærer det grundlæggende i at navigere et fragtskib rundt om landmasser, rejse ad forskellige vandvejsruter, besøge havne og finde, købe og sælge skibscontainere.
Hvidt skydække skjuler de fleste landmasser i starten af spillet. Spilleren samler containere op, der flyder i vandet, og besøger havne for at modtage eller købe yderligere containere. Derefter sælger de containerne på steder, hvor de kan tjene flest penge, og bruger mønterne til at fjerne skyerne og afsløre nye muligheder, såsom flere vandruter, bugter, halvøer, øer og byer.
Dertil kommer, at spilleren opdager strukturer, der genererer passive indkomststrømme. De opbygger stederne og vender tilbage med deres skib nu og da for at hente gratis penge. De får også penge, hvis de ser reklamer efter at have åbnet skattekister.
Cargo Ship byder på mange sjove sidequests og opgaver. Spilleren øger skibets kapacitet og hastighed ved at betale for opgraderinger af længde, højde og hastighed. De kan også nærme sig Gates to Atlantis Trader med ædelstene og finde Poseidons trefork.