Worm Apple Quest är ett plattformsspel med ormlogik och pussel. På 50 nivåer hjälper spelaren en mask att hitta och äta glänsande färgglada äpplen nära flytande plattformar som svävar framför lövbakgrunder.
Spelet presenterar ett brett utbud av äppelfärger, från grönt till gyllene. Äpplena hänger mystiskt i himlen eller vilar ovanpå en plattform. Spelaren kan få masken att röra sig upp, ner, vänster och höger. Den kan också vända och glida på båda sidor av kroppen och böja sig över kanter och hörn. Om spelaren böjer maskens kropp till en fyrkantig form kan den dock inte flyttas till några nya positioner utan måste starta om nivån.
Efter att spelaren har fått masken att äta alla äpplen visar spelet tillhörande poäng. Spelaren använder så småningom poängen för att uppgradera maskens utseende till en av 10 nya kombinationer av hudfärg och mönster. Om spelaren inte har tillräckligt med äpplen kan de tjäna mer genom att titta på en annons.
Worm Apple Quest tillåter spelaren att ladda om en nivå när som helst med en halvcirkelformad omladdningsknapp längst upp på skärmen. Det gör det också möjligt för spelaren att hoppa över en nivå när som helst med en annonsvy.