UFO Puzzle är ett sorteringsspel med match-3-regler. Spelarens mål är att sortera pingviner i matchande uppsättningar för att rensa rutnät och tjäna hammare som hjälper dem att bygga föremål på flytande landmassor.
Spelet delar upp spelet i tre minispel undernivåer per nivå. För varje nivå får spelaren ett rutnät med färgglada pingviner som bär bygghattar, pilotmössor, kaninöron och andra huvudbonader. De får också sju utrymmen i en horisontell rad under rutnätet. De måste noggrant sortera pingvinerna i match-3-uppsättningar baserat på färg och hattstil.
Spelaren måste vanligtvis flytta icke-matchande pingviner till utrymmena för att komma åt matchande, vilket snabbt kan fylla upp tillgängliga platser. De förlorar ett minispel och måste starta om från början av en nivå varje gång de fyller alla utrymmen utan att skapa ett set. Om de avslutar en nivå får de mynt och hammare och kan sedan bygga föremål på öarna.
UFO Puzzle ger spelaren många utmaningar, inklusive sömniga pingviner i tråkiga färger, gömda pingvin-snöfolk och mystiska pingvin-hisslådor. Spelaren måste använda olika strategier för att avslöja matchningar. Till exempel kan de memorera färgerna på de sovande pingvinerna och sedan beräkna antalet drag som behövs för att nå en eller flera för att slutföra en matchande uppsättning.
Som med andra match-3-spel har det här spelet boosters, inklusive en bakåtpil som vänder det sista draget, vridna dubbelpilar som blandar pingvinerna och en magnet som automatiskt väljer en matchande uppsättning. Det finns också en booster med tre brickor som skapar ett tillfälligt placeringsområde för att frigöra utrymmen. Spelaren kan köpa fler boosters med myntvinster eller visa annonser. De kan göra anspråk på ytterligare mynt och boosters när de är färdiga med renoveringen och deltar i specialevenemang.
