Mysterious Pirate Jewels 3 är ett tidsinställt match-3-spel i connect-stil med ett rutnät av hexagonformer. I 45 nivåer ska spelaren koppla ihop och släppa juveler, även kallade sexhörningar, från rutnätet i grupper för att bryta och ta bort färgade bakgrunder. Deras primära mål är att tjäna standard- och bonuspoäng genom matcher innan tiden går ut och slutföra alla nivåer.
I stället för att använda ett begränsat antal anslutningslinjer ansluter spelaren tre eller fler matchande juveler med färgmatchade pilar i valfri riktning. När spelaren lyckas matcha en juvel försvinner de matchande hexarna i gnistrande färger och sedan fylls de tomma utrymmena i rutnätet med nya hexar. Den rosa bakgrundsfärgen tas omedelbart bort från rutnätet. För alla andra färger, t.ex. blå, tas endast den översta färgen bort. Spelaren måste utföra en ny match för att ta bort den rosa.
Mysterious Pirate Jewels 3 laddar flera boosters i det nedre högra hörnet efter varje avslutad match. Spelaren kan använda en bakåtpil för att ångra sitt sista drag. Med tiden förvandlas samma knapp till två pilar som blandar brickorna. De kan också dra en hammare till rutnätet för att frigöra matchande och icke-matchande juveler.
Under spelet fylls också utrymmen med specialföremål, inklusive regnbågsfärgade ovala hexar som fungerar som jokrar för att matcha alla juveler, en glödande ljusfärgad oval boll som fungerar som blixt för att ta bort alla hexar som matchar dess färg och ett timglas som lägger till mer tid på klockan.
