Marble Bubble Legend är ett sammansmältningsspel med Suika-spel och Zuma-designelement. På en grästäckt mesoamerikansk bollplan med sidoväggar av sten använder spelaren en grodskytt som liknar dem som finns i Zuma bubble-popping-spel för att skapa allt större kulor i andra änden av planen. De försöker också att få en hög poäng och stjärnvaluta.
Grodskytten har en huvudkulprojektil i munnen och en sekundär som syns på ryggen. Spelaren får en streckad siktlinje som de kan använda för att rikta in sig på specifika platser i andra änden av bollbanan. Bubblan i spelets titel hänvisar till hur marmorkulorna rullar till synes uppåt som flytande bubblor på grund av den vertikala skärmlayouten.
Spelaren kan skjuta kulorna var som helst på banan, men de kan bara sammanfoga två identiska bubblor åt gången. Om de tillåter icke-matchande bubblor att staplas ihop och bitarna når botten av skärmen, förlorar de och måste börja om.
Marble Bubble Legend erbjuder flera verktyg för att skydda spelaren mot en förlust. Om spelaren är villig att se annonser kan de använda den nedre vänstra knappen märkt AD för att ta bort den största kulan som förhindrar nya sammanslagningar. De kan också använda en skakknapp längst ner till höger för att skaka kulorna till nya sammanslagningspositioner och en regnbågsvirvelmultibollknapp för att omedelbart slå samman och utveckla en riktad kula. De köper tillgång till de två sista knapparna med stjärnor som de tjänar genom att besöka spelets butik och titta på reklamvideor.
