Let The Train Go är ett logik- och pusselspel i kategorin sortering. Spelaren måste flytta fordon av olika färger, modeller, former och storlekar som är parkerade nära eller på ett tågspår för att låta ett höghastighetståg passera genom området så att det kan fortsätta sin resa till en destination. Utöver parkeringsspel liknar Let The Train Go mest sorteringsspelen Save Lazy Fish och Save Stranding Fish samt skjutblocksspelen Tap Away och Unblock Cube 3D.
Reglerna är enkla, men inte spelet. Spelaren måste sortera fordonen i en viss ordning för att avblockera spåren. Med vissa nivåer kan de behöva ordna om dussintals fordon innan de kan låta tåget gå. Fordonen inkluderar korta, medelstora och långa, snabba standard-, polis- och racerbilar, ambulanser, skåpbilar och lastbilar.
Let The Train Go kräver inte komplexa rörelser med kontrollerna. Istället måste spelaren föreställa sig hur man tar bort de parkerade fordonen och utföra uppgiften i rätt ordning. När de har blockerat ett fordon genom att uppmana ett eller flera andra fordon att flytta sig ur vägen kan de uppmana det fordonet att flytta sig ur vägen också.
Spelaren behöver inte ta bort alla fordon från spelplanen på varje nivå. De behöver bara avblockera spåret. Med det sagt behöver de ofta ta bort en hel sektion av fordon i ett område för att uppmana fordon från banan i ett annat område.
När spelaren slutför sin uppgift framgångsrikt gratulerar spelet dem och kastar konfetti över skärmen.