Hexa Master 3D: Sort Puzzle är ett sorteringsspel med en byggkomponent. Spelaren bygger vackra scener på flytande små öar med färgglada hexagonformade träplattor som kallas hexas som de samlar in via sorteringsåtgärder. De ordnar om staplar med brickor i blandade färger på ett rutnät för att skapa nya staplar som innehåller färgmatchade brickor.
Spelaren får en uppsättning med tre staplar åt gången. De flyttar bitarna på rutnätet i positioner som gör att de översta brickorna automatiskt kan flippa på färgmatchade brickor högst upp i intilliggande staplar. De fortsätter att placera ut staplar tills de har samlat ihop tillräckligt med brickor, vilket bestäms av ett mål som visas i det övre vänstra området bredvid en regnbågsrandig bricka.
Hexa Master 3D: Sort Puzzle erbjuder fyra boosters. Spelaren kan använda en klubba för att ta bort en stapel, en handske för att byta två staplar, dubbla pilar för att blanda oplacerade staplar med nya och en bomb för att rensa både en vald stapel och andra i en radie runt den. De kan också öppna fler utrymmen med reklamvyer.
Byggkomponenten involverar inte sammanslagningar i ett hantverksscenario. Istället använder spelaren de insamlade brickorna för att automatiskt konstruera de flytande öarna. Vid tidpunkten för detta skrivande inkluderar retreaterna Royal Pavilion, Zen Garden, Flower Field, Sakura Cabin och Mushroom Home. Spelets utvecklare lägger till nya från tid till annan.
Spelet tillåter också spelaren att slumpmässigt låsa upp nya bakgrunder med mynt. De tjänar ytterligare mynt genom att visa annonser och samla dagliga och uppgifts-, prestations- och skattkista-belöningar.
