Cup Sort Puzzle 3D är ett tredimensionellt sorteringsspel med dryckestema. Även om titeln hänvisar till koppar, börjar spelet med burkar. Spelaren sorterar dryckesburkar i lådor. När de slutför denna uppgift på varje nivå avslöjar de ett samlarobjekt för motorfordon eller stadsbyggnadsklistermärke som spelet överför till en klistermärkebok.
Detta spel liknar hårdvaru- och trådsorteringsspel. Ändå har det en enorm skillnad. Spelaren behöver inte välja varje burk för att få spelet att överföra den till en matchande låda. Burkarna faller mot mitten av skärmen i rännor. När spelaren väljer intilliggande matchande burkar, överförs alla burkar som behövs automatiskt till en färg- och logotypmatchad låda. Men om spelaren väljer en sektion med icke-matchande burkar, överförs en enda burk till en av sex tomma brickor under rutschkanorna.
Om spelaren får slut på brickor förlorar de nivån. Om de är villiga att se en annons kan de låsa upp ytterligare två brickor när som helst för att förhindra förlust. De kan också använda en annonsvisning för att fortsätta spela efter att de har gjort ett kritiskt misstag. De kan låsa upp två extra lådor med den här metoden också. Dessutom ger spelet dem tre boosters längst ner på skärmen för att hjälpa dem att korrigera misstag och spela utan avbrott.
Cup Sort Puzzle 3D tillåter inte spelaren att välja burkar som är blockerade på alla sidor i en ränna. Spelaren kan bara välja från botten, som spelet hänvisar till som framsidan.