Bubble Tower är ett avslappnat bubbelskjutspel som liknar Bubble Tower 3D. I en tredimensionell miljö tar spelaren bort mönster av bubbelbollar som är fästa vid cylindriska torn genom att använda projektiler för att skapa och släppa matchande kluster. De måste slutföra denna uppgift på varje nivå innan de får slut på bollprojektiler. För varje vinst tjänar man mynt och låser upp nya, mer utmanande nivåer.
En nivå har vanligtvis ett slätt, vitt kolonntorn med kulor i blandade färger som hänger från sidorna nära toppen och mitten. En enda projektil åt gången vilar ovanpå ett horisontellt matchande färgat band nära skärmens botten. En flik i det nedre vänstra hörnet visar antalet tillgängliga bollprojektiler.
Spelaren använder sina kontroller för att vrida tornet åt vänster eller höger för att rikta in de lägsta mönsterbollarna med skytten. Spelaren kan bara släppa bollarna när de skapar kluster med tre eller fler färgmatchade.
Bubble Tower belönar spelaren med flest mynt när de inte använder alla sina bollprojektiler. Mynten hjälper spelaren att släppa bollar snabbare med tre boosters under skytten som låses upp efter att de har nått specifika nivåer.
