Bubble Shooter Arena är ett bubbelspel som använder sig av populära Zuma-mekaniker. Det har också ett tävlingsmoment. I en torr ökenregion förstör spelaren tåg på spår gjorda av rullande bubbelbollar medan han reser förbi forntida strukturer och vattenhål. Spelaren försöker få så många poäng och mynt som möjligt och uppnå speciella prestationer. På boss-nivåer försöker de också slå andra spelares tider och klättra på topplistor.
Spelaren får en grodskytt och ett hårkors som gör det möjligt att skjuta precisionsskott. I skytten får de en primär bubbelbollsprojektil i grodans mun och en sekundär i dess huvud. För att aldrig slösa bort ett skott kan de när som helst byta ut dessa två projektiler. Om det inte finns någon matchning på tåget kan de också skjuta en projektil åt sidan bort från det.
Spelet tillåter endast spelaren att spränga kluster med tre eller fler matchande bubbelbollar som inkluderar projektilen. När ett kluster smäller slutar bubbelbollarna framför det vanligtvis att rulla framåt. Om bollarna i den halvan matchar framsidan av den bakre halvan, rullar spelet framsidan in i baksidan och spränger de anslutna matchande bubblorna automatiskt.
Bubble Shooter Arena slutar spelas om spelaren låter tåget nå en virvlande portal i slutet av banan. Med detta sagt hjälper det spelaren att spränga bubbelbollarna snabbare med power-up boosters. Med mynt eller annonsvisningar kan spelaren använda explosiva svarta bomber och eldbollar, streakande raketer och tidsstoppande snöflingor.
