Animal Merge: Bubble Shooter är ett sammanslagningsspel som använder bubbelskyttemekanik. Spelaren måste rikta bubblor för att träffa matchande för att avslöja dolda djur och uppfylla nivå-för-nivå-mål.
Bubblorna fungerar som bollar som studsar runt mot andra bubblor och sidoväggarna. Spelaren får ursprungligen bubblor som visar horisontella vita linjer som döljer djuren. De sammanfogar dessa bollar baserat på färgen som står i kontrast till linjerna. Till exempel kan de rikta en bubbla med grå och svarta färger och vita linjer mot en matchande bubbla för att avslöja en panda. De upprepar denna process med ytterligare två matchande fodrade bollar. När de har avslöjat två identiska djur i bubblor skjuter de den ena mot den andra.
Animal Merge: Bubble Shooter ger spelaren ett begränsat antal drag. Spelaren kan övervaka det återstående antalet på vänster sida av skärmen ovanför området för insamlingsmål. Om de misslyckas med att ta bort de vita linjerna genom att skjuta bubblor på icke-matchande bubblor, visas fler bubblor på spelplanen.
Spelet hjälper spelaren genom att förse dem med flera insamlingsverktyg, inklusive bomber som skapar explosioner som flyttar bubblor till nya positioner, magneter som automatiskt samlar in djur och förstoringsglas som drar matchande bubblor ihop för att avslöja och samla in djur. Spelaren får också en trepilslinje för att bättre kunna sikta när man skjuter, virvlande portaler för att flytta bubblor till högre eller lägre delar av fältet och krossbara trälådor som avslöjar extra bubblor för snabbare insamling.