O Seat Jam 3D é um jogo de ordenação que requer que o jogador ordene os passageiros dos stickmen em carruagens de comboio nos seus lugares correctos ao longo dos nÃveis. O jogador tem um número limitado de passos para completar esta tarefa, conforme indicado no topo do ecrã sob o número do nÃvel. Quando o jogador é bem sucedido, recebe várias opções para recolher as moedas necessárias para atualizar os trilhos de corrida atrás dos passageiros para cores e formas diferentes.
O jogador tem acesso a uma vista de cima para baixo de uma carruagem de comboio com passageiros sentados de cor verde e passageiros sentados e de pé de cor vermelha. Ele usa a letra e o número exibidos no topo da cabeça de cada passageiro vermelho e os números nas bordas do vagão para sentar cada um corretamente.
Para que este processo funcione, o jogador pode ter de deslocar outros passageiros sentados ou de pé para novas posições. O jogo confirma a colocação correcta, tornando os passageiros vermelhos em verdes. Se o jogador quiser realizar acções especiais, como trocar as posições de dois passageiros com um passo, pode aceder a boosters na parte inferior do ecrã através de visualizações de anúncios.
O Seat Jam 3D dá ao jogador três baús mistério e prémios em moedas no final de cada nÃvel. O jogador também pode recolher moedas ao aceitar bónus diários.
Se o jogador não se importar de ver vÃdeos publicitários, pode recolher muitos extras, tais como 2.000 moedas grátis no ecrã inicial, recompensas de tarefas diárias acessÃveis através do Ãcone Quest no mesmo ecrã, multiplicadores de quaisquer ganhos de moedas, e até baús mistério extra e trilhos de corrida especiais. Se ficarem sem passos, podem também reavivar o jogo em vez de reiniciar o nÃvel com uma visualização de anúncios.