Mushroom Blocks é um jogo de puzzle de blocos com elementos de azulejos deslizantes como Funkee Worms e Haru Panda Slide. Numa sala azul com papel de parede com tema de cogumelos e luminárias azuis a brilhar entre misteriosas portas de madeira, o jogador tenta criar linhas horizontais ao estilo de Tetris num tabuleiro de xadrez verde de dois tons 8x10 com diferentes tamanhos e tipos de cogumelos antropomórficos. Os seus principais objectivos são ganhar o maior número possÃvel de pontos e moedas de cogumelos dourados.
Para criar linhas, o jogador deve deslizar os cogumelos para a esquerda ou para a direita para colocar as peças nos espaços vazios das linhas horizontais. Em cada jogada, o jogo desliza mais cogumelos para o tabuleiro a partir do fundo. O jogador nunca deve deixar que os cogumelos se acumulem no topo do tabuleiro. Quando isso acontece, tem de começar de novo.
O Mushroom Blocks fornece ao jogador várias ferramentas úteis, incluindo uma pré-visualização da próxima fila horizontal de cogumelos numa área sombreada por baixo do tabuleiro e reforços especiais de cogumelos. O jogador pode utilizar a pré-visualização para planear as suas próximas jogadas. Utilizam os boosters para criar linhas de forma mais rápida e eficiente. Por exemplo, podem usar um impulsionador para destruir um único bloco que esteja no caminho ou dividir um cogumelo em dois mais pequenos.
O jogador pode comprar ou ganhar recompensas de boosters. Para comprar reforços, tem de usar o botão da loja no canto superior direito. Para ganhar reforços, o jogador tem de selecionar cogumelos que aparecem em portas abertas com rapidez suficiente para ganhar pontos que carregam um cesto de prémios. Também podem abrir portas numa área separada utilizando bilhetes.