Mayan Marbles é um jogo de rebentar bolhas que se passa em áreas outrora governadas pela civilização Maia. Em 25 locais que incluem aldeias, templos, selvas e rios, o jogador tenta remover os berlindes afixados num poste central acentuado com uma máscara dourada antes que o tempo se esgote. Também tentam ganhar pontos de bónus elevados, para além dos pontos normais.
O poste roda em diferentes direcções com os berlindes nele afixados como uma roda. O jogador usa um atirador de setas de metal estilizado numa plataforma de pedra para disparar projécteis de berlindes iguais contra o padrão. Só podem ser lançados grupos de três ou mais berlindes iguais. Se falhar, o jogo espera até que uma barra vermelha horizontal perca a cor e, em seguida, coloca mais bolhas na roda. Quando têm êxito, as bolhas rebentam e libertam fumo colorido que depois desaparece.
O Mayan Marbles mostra a barra de penalização vermelha, o nÃvel atual e a pontuação atual do jogador num painel de madeira preso a uma coluna de pedra à direita do campo. Também utiliza esta área para mostrar a contagem decrescente do temporizador até zero.