Cube in Cube é um jogo de fusão com mecânica de jogo 2048. Numa plataforma em camadas, o jogador orienta os cubos coloridos marcados com números para saltarem em diferentes direcções nos degraus. O seu principal objetivo durante o jogo é fundir cubos idênticos para criar cubos com números mais altos.
O jogo tem um modo de salvamento e um modo infinito. No modo de salvamento, o jogador tenta salvar uma pessoa dentro de uma grande gaiola suspensa sobre as chamas. Para ajudar esta pessoa em cada nÃvel, o jogador tem de ganhar pontos suficientes juntando cubos iguais para cumprir os requisitos do objetivo no canto superior esquerdo. No modo interminável, o jogador tenta juntar os cubos durante o máximo de tempo possÃvel e obter a pontuação mais elevada. Se o jogador tiver um bom desempenho, o jogo apresenta a sua pontuação no ecrã principal junto a um troféu.
O Cube in Cube permite que os cubos saltem para cima, para baixo, para a esquerda e para a direita nos degraus da plataforma. Quando dois cubos iguais se fundem, as peças criam um cubo de número superior. Por exemplo, dois cubos de 16 criam um cubo de 32. Se o jogador tentar dar um salto para um degrau vazio, perde pontos. Com o tempo, o jogo também acrescenta cubos extra à plataforma.
Em última análise, o jogador deve tentar fundir os cubos para alcançar o elusivo cubo 2048 e depois fundir para além desse número para ver até onde consegue chegar.