O Color Water Sort 3D é uma versão tridimensional dos populares jogos de seleção clássicos que requerem que o jogador selecione grupos de diferentes cores de água em tubos de ensaio de laboratório separados e outros recipientes. Nesta versão, o jogador também deve jogar rápido o suficiente para ganhar três estrelas douradas.
Ao longo dos nÃveis, o jogador transfere as faixas coloridas de água. Quando enche um tubo de ensaio com uma cor, o jogo fecha-o com uma rolha e dispara rajadas de confettis para o ecrã. Ao completar um nÃvel, o jogador recebe estrelas e moedas de ouro. Podem multiplicar os seus ganhos de moedas parando uma seta num medidor multiplicador de X2 a X5. Também podem ganhar moedas abrindo um mealheiro e jogando uma roda giratória no ecrã inicial, aceitando uma caixa de presente de recompensa de progressão e recolhendo chaves para abrir baús de tesouro.
Se o jogador cometer um erro, pode utilizar o botão de desfazer com a seta para trás, no canto superior direito da barra de progresso de estrelas horizontais no centro superior. Se precisar de adicionar mais um tubo de ensaio, pode usar o botão Adicionar no canto superior esquerdo da barra. O jogo também permite visualizar uma dica com o botão de lupa no canto superior direito ou saltar um nÃvel completamente com o botão de setas no canto superior esquerdo abaixo do botão home.
O Color Water Sort 3D permite ao jogador personalizar a sua experiência com os seus ganhos em moedas. Pode usar as moedas para desbloquear novas formas de tubos de ensaio, fundos e tampas aleatórios.