Words in Bubbles is een woordspel met een bubbelspelelement en een themaspel. In elk level is het doel van de speler om woorden te vormen met gedeeltelijke letters in bubbels die van de bovenkant van het scherm in een doorzichtige container met ronde bodem vallen. Ze moeten elk woord juist raden om alle bubbels te laten knappen en uit de container te verwijderen, munten te winnen en het volgende level te ontgrendelen.
Het spel toont de speler een thematische aanwijzing en lege woordvelden in het midden bovenaan het scherm. De speler gebruikt de letters in de bubbels om de lege plekken op te vullen. Ze kunnen bijvoorbeeld gedeeltelijke letters gebruiken om woorden te maken die voorwerpen in een kamer beschrijven, voorwerpen die geassocieerd worden met een kleur of een seizoen, of de namen van dieren, planten en zelfs planeten. Ze kunnen alleen woorden vormen als ze de deelletterblokjes in de juiste volgorde selecteren. Ze kunnen echter op elk moment de selectie van een onjuiste tekstballon ongedaan maken.
Words in Bubbles biedt verschillende hulpmiddelen om het selecteren te vergemakkelijken. De speler kan de groene vergrootglasknop gebruiken om alleen de bubbels te markeren die een woord vormen, de oranje bliksemschichtknop om enkele letters in de woordvelden te onthullen of de blauwe dubbele pijlknop om de bubbels in de container te schudden. Ze gebruiken hun munten om na verloop van tijd meer toegang tot deze hulpmiddelen te kopen. Als ze de munten willen vermenigvuldigen, moeten ze gewoon reclamevideo`s bekijken.