Wooden Blocks is een blokkenpuzzelspel met als thema bos en hout. Een speels personage daagt de speler uit om losse blokken en polyomino-vormen met meerdere blokken op een geruit bord van 9x9 te plaatsen om kolommen, rijen en 3x3 subrasters van blokken te maken en weg te spelen.
Het spel heeft twee speltypen (Classic en Voyage). In Klassiek probeert de speler de hoogste score aller tijden te halen door zo lang mogelijk blokformaties te maken en te verwijderen. Het spel maakt deze taak uitdagend door de moeilijkheidsgraad na verloop van tijd te verhogen. De speler kan zijn punten, de moeilijkheidsgraad en zijn beste score links op het bord bijhouden. Met Voyage voeren ze verschillende taken uit die aan de linkerkant worden weergegeven, zoals het verzamelen van juwelen en het behalen van specifieke scores, om een reis door 18 levels te voltooien. Tijdens hun reis verzamelen ze afbeeldingen voor een galerij die ze op elk moment kunnen openen op het beginscherm.
Wooden Blocks lijkt op het eerste gezicht een traditioneel blokpuzzelspel. Er zijn bijvoorbeeld losse blokken en vormen met meerdere blokken in sets van drie aan de rechterkant van het bord. Toch biedt het ook unieke gameplay. Elke keer dat de speler een blok of vorm plaatst, voegt het spel bijvoorbeeld een groen blad toe aan een boomtak in het midden boven het bord. Nadat de speler de tak met bladeren heeft gevuld, voorziet het spel hem van een elektrische booster die werkt als bliksem en willekeurig blokken van het bord slaat en verwijdert.