In Wonder Crash Clicker ben je op een missie om alle wonderen van de wereld te vernietigen, zoals piramides, de hangende tuinen en meer. Dit doe je door een stroom projectielblokken neer te laten die de blokken vernietigen waaruit de verschillende bouwwerken bestaan die je aanvalt. Je begint met het aanvallen van huizen en dorpen om je punten op te bouwen, daarna gebruik je je punten om verbeterde aanvallen te kopen. De aanvallen zijn als volgt:
Geel - Je standaardaanval
Rood - Kleine maar snelle aanval
Paars - Explosieve aanval
Groen - Versplinterende aanval
Turquoise - Stuiterende aanval
Roze - Verticale lijnaanval
Grijs - Horizontale lijnaanval
Veel van deze aanvallen gebeuren met regelmatige tussenpozen, maar je kunt je gele basisaanval versnellen door op het scherm te klikken. Hiermee kun je ook richten.
Als je genoeg blokken hebt vernietigd, krijg je de kans om een Wonderproef te doen. In deze proef moet je binnen een bepaalde tijd een wereldwonder vernietigen. Er staat geen straf op verlies, dus aarzel niet om het te proberen als je denkt dat je kunt winnen. Het vernietigen van een wonder geeft je een speciale valuta genaamd "talenten". Gebruik talenten om bonusfuncties vrij te spelen, zoals meer aanvalskracht en meer tijd om wonderen te vernietigen.