Water Drop Sort is een drankachtig watersorteerspel. De speler sorteert bubbels van gekleurd water over flessen om bruisende, gekurkte drankjes met één kleur te maken. Andere doelen zijn het verdienen van munten, het openen van geschenkdozen, hoog eindigen op een wereldwijd klassement, het winnen van medailles en het ontgrendelen van nieuwe levels.
De speler krijgt een voorproefje van de dranken in het gebied linksboven onder de muntenbank. Ze sorteren het water door telkens een gekleurde strook vloeistof in een lege fles of een opening boven een strook van dezelfde kleur te gieten. Als ze uit een fles gieten die meer vloeistof bevat dan ruimte in een opening, wordt de vloeistof verdeeld over beide flessen.
Hoewel dit spel de speler aanwijzingen geeft over waar hij kan gieten via gouden knipperende pijlen, moet hij zijn bewegingen ook een aantal stappen plannen voordat hij het water gaat sorteren. Anders kunnen ze ruimte tekort komen. Het spel biedt echter ook de mogelijkheid om lege flessen te openen en te plaatsen en eerdere zetten ongedaan te maken.
Water Drop Sort biedt cadeautjes en nieuwe manieren om te spelen nadat de speler een bepaald aantal levels heeft voltooid. Zo ontgrendelt de speler uiteindelijk het mysteriespel waarbij hij een strook vloeistof moet gieten om de kleur te onthullen van een strook die verborgen zit achter zwarte verf en witte vraagtekens. Uiteindelijk krijg je ook opslagpotten met gouden ringen waarmee je tijdelijk vloeistof kunt opslaan die andere banden blokkeert.