UFO Puzzle is een sorteerspel met match-3 regels. Het doel van de speler is om pinguïns in passende sets te sorteren om roosters vrij te maken en hamers te verdienen waarmee ze voorwerpen kunnen bouwen op drijvende landmassa`s.
Het spel is onderverdeeld in drie sublevels voor minigames per level. Bij elk level krijgt de speler een raster met kleurrijke pinguïns die bouwmutsen, pilotenmutsen, konijnenoren en andere hoofddeksels dragen. Ze krijgen ook zeven vakjes in een horizontale rij onder het rooster. Ze moeten de pinguïns zorgvuldig sorteren in match-3 sets op basis van kleur en hoedstijl.
De speler moet meestal niet-matchende pinguïns naar de vakjes verplaatsen om bij de matchende pinguïns te komen, waardoor de beschikbare vakjes snel vol raken. Als ze alle vakjes vullen zonder een set te maken, verliezen ze een minispelletje en moeten ze vanaf het begin van het level opnieuw beginnen. Als ze een level uitspelen, krijgen ze munten en hamers en kunnen ze objecten bouwen op de eilanden.
UFO Puzzle stelt de speler voor veel uitdagingen, waaronder dofgekleurde slapende pinguïns, verborgen pinguïnsneeuwmensen en mysterieuze pinguïnliftdozen. De speler moet verschillende strategieën gebruiken om de overeenkomsten te onthullen. Zo kan hij bijvoorbeeld de kleuren van de slapende pinguïns onthouden en vervolgens het aantal zetten berekenen dat nodig is om er een of meer te bereiken en zo een passende set te maken.
Net als bij andere match-3 spellen zijn er ook bij dit spel boosters, zoals een pijl naar achteren die de laatste zet terugdraait, gedraaide dubbele pijlen die de pinguïns door elkaar schudden en een magneet die automatisch een bijpassende set selecteert. Er is ook een drie-tegel-booster die een tijdelijke plaatsingszone creëert om ruimtes vrij te maken. De speler kan meer boosters kopen met gewonnen munten of advertenties bekijken. Ze kunnen extra munten en boosters claimen als ze klaar zijn met renoveren en deelnemen aan speciale evenementen.
