Squirrel Bubble Shooter begint met veel verschillende bubbels van verschillende kleuren aan de bovenkant van het scherm. De speler, die een eekhoorn is, bevindt zich aan de onderkant van het scherm. De bubbels zijn soms samengeklonterd met andere bubbels van dezelfde kleur. Het eekhoornfiguur krijgt één bel van een bepaalde kleur. Gooi die bubbel in de lucht naar een bubbel van dezelfde kleur en zodra de bubbels botsen, verdwijnen alle bubbels die elkaar raakten. Als alle bubbels van het scherm zijn verdwenen, is het level voltooid en gaat de speler door naar het volgende level. Elk level wordt de speler beloond met punten, afhankelijk van hoe snel het level is uitgespeeld. Om de bubbels te laten knappen, moeten de bubbels ten minste drie andere bubbels van dezelfde kleur raken. Ook als er andere gekleurde bubbels aan de onderkant van de gepopte bubbels vastzitten, zullen deze extra bubbels op de vloer van het level vallen en ploffen. De eekhoorn kan een bel gooien naar waar hij maar wil. De bel naar een andere bel gooien of zelfs de bel eerst van de muur laten stuiteren is een optie.
Het spel heeft een felgekleurde jungle-achtergrond die wordt begeleid door muziek met jungle-thema. Het spel is leuk om te spelen en het houdt een hoog speeltempo aan. Het spel beloont spelers met punten voor snel spel, dus zorg ervoor dat je de bubbels zo snel mogelijk gooit om het volgende level te bereiken.
