Sort Colored Balls Puzzle is een driedimensionaal sorteerspel. Tegen een donkerblauwe achtergrond met kleurverloop sorteert de speler een mix van gekleurde ballen in reageerbuizen in verschillende niveaus. Het belangrijkste doel is om de ballen zo te rangschikken dat elke reageerbuis gevuld is met slechts één kleur. Andere doelen zijn het winnen van munten en sterren en het vrijspelen van alle levels.
De speler plaatst een of meer ballen met dezelfde kleur op identieke ballen of in lege reageerbuizen. In tegenstelling tot soortgelijke spellen kan de speler een stapel ballen van willekeurige grootte kiezen. Het spel splitst de stapel automatisch.
Als de speler bijvoorbeeld twee blauwe ballen wil verplaatsen naar een lege ruimte boven een blauwe stapel met genoeg ruimte voor beide, verplaatst het spel automatisch de hele stapel. Als er maar ruimte is voor één bal, wordt de groep gesplitst door één bal te verplaatsen en de andere bal achter te laten.
Sort Colored Balls Puzzle beloont de speler met de meeste munten en sterren als tijdbonus. De speler moet zo snel mogelijk klaar zijn met het herschikken van de ballen binnen een onbekend gemiddeld aantal seconden.
Het spel helpt de speler sneller te bewegen met drie hulpmiddelen. Ze kunnen een knop met een vraagteken (?) gebruiken om een hint te zien. Ze kunnen een knop met een plusteken ( ) en een reageerbuispictogram gebruiken om een lege extra container aan het veld toe te voegen. Ze kunnen een pijltjestoets terug gebruiken om een of meer vorige zetten terug te draaien.
