Shoot at the Bubbles is een casual bubble-popping game met een mix van klassieke neon arcade graphics en moderne interface iconen. De speler schiet bubbelprojectielen op overeenkomende clusters in rijen van elkaar overlappende bubbels om een hoge score te verdienen en zoveel mogelijk levels vrij te spelen.
De speler begint met 1.000 gratis munten. Ze gebruiken het winkelpictogram aan de rechterkant van het scherm om speciale hulpmiddelen te kopen waarmee ze langer kunnen spelen. Ze kunnen bijvoorbeeld een wisselbooster kopen waarmee ze de kleur van het projectiel kunnen veranderen, een vermenigvuldiger waarmee hun score wordt verdubbeld als deze wordt geactiveerd en een rijverwijderaar waarmee een hele rij bubbels wordt verwijderd.
Shoot at the Bubbles werkt hetzelfde als andere vergelijkbare spellen. De speler creëert clusters van drie of meer bij elkaar horende bubbels met zijn projectielen. Dit spel laat echter na elke 10 schoten een rij nieuwe bubbels vallen in plaats van na een bepaald aantal gemiste treffers. De overlappende bubbels zien er ook uit als visschubben, waardoor het moeilijk is om gaten en plekken te zien waarop je moet richten met de miklijn en de richtbel van de schutter.
