Seat Jam 3D is een sorteerspel waarbij de speler in verschillende levels de reizigers in treinwagons op hun juiste plaats moet sorteren. De speler krijgt een beperkt aantal stappen om deze taak te voltooien, zoals boven in het scherm onder het levelnummer wordt weergegeven. Als ze succesvol zijn, krijgen ze meerdere opties om munten te verzamelen die ze nodig hebben om de looppaden achter de passagiers bij te werken in verschillende kleuren en vormen.
De speler krijgt toegang tot een bovenaanzicht van een treinwagon met groengekleurde zittende passagiers en rode zittende en staande passagiers. Ze gebruiken de letter en het cijfer op de hoofden van de rode passagiers en de cijfers op de randen van de wagon om de passagiers op de juiste plaats te zetten.
Om dit proces te laten slagen, kan het nodig zijn dat de speler andere zittende of staande passagiers op een nieuwe plek zet. Het spel bevestigt de juiste plaatsing door de rode passagiers groen te kleuren. Als de speler speciale acties wil uitvoeren, zoals het verwisselen van de positie van twee passagiers met één stap, heeft hij toegang tot boosters onderin het scherm via advertentieweergaven.
Seat Jam 3D geeft de speler drie mysterieuze kisten en muntwinsten aan het einde van elk level. De speler kan ook munten verzamelen door dagelijkse bonussen te accepteren.
Als de speler het niet erg vindt om reclamevideo`s te bekijken, kan hij veel extra`s verzamelen, zoals 2.000 gratis munten op het beginscherm, dagelijkse taakbeloningen die toegankelijk zijn via het Quest-pictogram op hetzelfde scherm, vermenigvuldigers van eventuele muntwinsten en zelfs extra mystery chests en speciale hardlooppaden. Als ze zonder stappen komen te zitten, kunnen ze ook hun spel hervatten in plaats van het level opnieuw te starten met een reclameweergave.
