Pop Puzzle is een sorteerspel met een knalcomponent. In een uitgestrekte oceaan moet de speler kleurrijke schijven sorteren en laten knallen die op witte pilaren in stapels van verschillende kleuren worden gepresenteerd. Ze moeten alle schijven laten knallen voordat ze geen zetten meer hebben.
Het spel geeft het aantal zetten weer in het midden boven de oceaan. De stapels verschillen per level. In het ene level hoeft de speler maar twee kleuren op twee stapels te sorteren. In een ander level moet de speler zes of meer kleuren op drie of meer stapels stapelen.
De speler maakt ministapels met drie of meer dezelfde schijven. Soms veroorzaakt de kracht van het knallen een kettingreactie. Als er bijvoorbeeld drie schijven van dezelfde kleur op een stapel terechtkomen, kunnen er ook een of meer schijven van dezelfde kleur op een andere stapel terechtkomen. En als de speler een ministapel met niet-bijpassende schijven laat knappen, kunnen er ook een of meer schijven knappen die door de opening op bijpassende lagere schijven vallen.
De regels van Pop Puzzle staan niet in steen gebeiteld. De knallende kracht en eventuele daaropvolgende kettingreacties kunnen ervoor zorgen dat willekeurige schijven in een stapel op hun plaats knallen. Zelfs als een kettingreactie er niet in slaagt om schijven te laten knallen, biedt het spel drie hulpmiddelen om het knallen gemakkelijker te maken.
Onder de pilaren kan de speler de shuffle-, bom- en hintopties gebruiken als hij advertenties bekijkt. Ze kunnen ook reclameweergaven gebruiken om door te gaan met vijf extra zetten als ze een level niet halen.