Pac-Rat is een puzzelspel in doolhofstijl, vergelijkbaar met het klassieke Pac-Man. Een rat probeert cheddar cheese wedges en wheels te eten in doolhoven in zes levels. Hij wordt echter bedreigd door verschillende sluipende katten. Het is de taak van de speler om de rat lang genoeg in leven te houden om alle kaas op te eten.
Zodra kinderstemmen roepen: "Maak je klaar... ga!", moet de speler in elk doolhof strategie en elementen gebruiken om te voorkomen dat de katten de rat te pakken krijgen. Ze kunnen eenvoudigweg observatie gebruiken om de rat weg te leiden van elk gebied waar een kat in zit. Omdat de katten ook op de rat jagen, kan de speler de rat een van de verschillende wielen laten eten om een power-up te krijgen die de rat tijdelijk verandert in een groen monster dat katten eet. Wanneer de rat transformeert, gillen de katten en rennen ze weg. Als hij een van hen opeet, wordt de geest van de dode kat gedwongen terug te gaan naar zijn thuisgebied om te herrijzen, wat de speler de tijd geeft om de rat meer kaaspunten te laten eten. Aan de linker- en rechterkant van elk doolhof zijn poorten in de vorm van portalen waarmee de speler de rat snel van de ene naar de andere kant kan brengen. De rat heeft ook drie levens. Als er nog maar één leven over is, kan de speler een level vanaf het begin opnieuw beginnen zonder elk level opnieuw te moeten spelen.