Octonauts Bubbles is een bubbelspel met een diepzee-onderzoeksthema. De speler probeert bellen te laten knappen en hoge scores te halen op speelvelden in 27 levels en een verrassend (?) bonuslevel.
In een onderwaterruimte in een gezonken houten schip, tegenover houten balken, wijnvaten en zeeleven, hangen kleurrijke bellen met ankers, boten, vissen, octopussen, pootafdrukken, schilden en andere nautische iconen aan de bovenkant van een speelveld. Twee antropomorfe dieren in duikpakken met doorzichtige bubbelhelmen werken samen om de speler te voorzien van een "schutter" om bellen te laten knappen. Het uiterst rechtse personage houdt bubbelprojectielen vast en gooit nieuwe naar de hoofdduiker, die ze vervolgens allemaal naar de hangende bubbels gooit.
De speler richt de schoten met of zonder een stippellijn. Octonauts Bubbles vereist dat ze clusters maken van bubbels met dezelfde kleuren en iconen. Als een cluster knalt, veranderen de bubbels in sterren, druppels en spetters. Het spel beloont de speler met punten voor elk cluster en alle bubbels die onder een cluster zijn verbonden.
De speler moet een heel veld leegspelen om het volgende veld vrij te spelen. Dit proces is niet zo eenvoudig als het klinkt. Soms rollen de bellen van andere bellen. Bovendien veranderen de personages die op hun plek zwemmen en het water om hen heen de baan van de projectielen.
